Unter großen Entbehrungen und mit eisernem Willen strebte Kneipp seinem Ziel zu. Er schloss in Dillingen das Gymnasium ab, wohnte während des Theologiestudiums in München im Herzoglichen Georgianum (Priesterseminar) und beendete es Mitte 1852. Am 6. August 1852 wurde Kneipp in München vom Augsburger Bischof Petrus von Richarz zum Priester geweiht. Er wirkte als Kaplan ein halbes Jahr in Biberbach, zwei Jahre in Boos, sodann in Augsburg St. Georg. 1855 kam er nach Wörishofen, wo er Beichtvater im Kloster der Dominikanerinnen wurde. 1880 übernahm er zudem die Pfarrei St. Justina, die er bis zu seinem Lebensende führte. Unzähligen Kranken half er durch seine Wasserkuren und -anwendungen, die ihn und Wörishofen berühmt machten. Sein Wissen veröffentlichte er 1886 in dem Buch: "Meine Wasserkur" (Kempten, Kösel), das 1919 bereits in 88. Auflage erschien. In Anerkennung seiner Verdienste ernannte ihn Papst Leo XIII. 1893 zum päpstlichen Geheimkämmerer (Prälat). Der Patriarch von Jerusalem verlieh ihm den Titel eines Konthur des Ritterordens vom Hl. Grab. Am 6. März 1897 nahm Kneipp noch an der Beerdigung des Ottobeurer Pfarrers Pater Wilhelm Obermayr OSB teil, kurz darauf erkrankte er selbst und verstarb am 17. Juni 1897.